A história do nome da Phantom Works é um capítulo à parte. Nos já distantes anos em que o mundo vivia mergulhado na Guerra Fria, o desenvolvimento de um caça supersônico, chamado F-4 Phantom II levou Herman Barkey, o responsável pelo projeto, a criar um time chamado Phantom Works. O avião foi produzido entre 1958 e 1965, mas a criação desse grupo ecoou por muitos anos depois. A ideia de ter um grupo de pessoas dedicadas a antecipar o futuro não decolou de pronto dentro da Boeing. Porém, o nome Phantom Works continuou a povoar a imaginação dos funcionários, como algo sempre envolto em mistério e ligado ao futuro.

Já estávamos em 1991 quando a Boeing resolveu criar um grupo dedicado à inovação, no mesmo espírito da equipe reunida por Herman Barkey. Inicialmente, a divisão foi chamada de New Aircraft Products Division (em tradução livre, Divisão de Novos Produtos para Aviação). Evidentemente, o nome não tinha o mesmo apelo do criado na década de 1960 e, finalmente, em 1996, a empresa resolveu batizar a nova divisão com sua atual identificação: Phantom Works, numa homenagem ao trabalho de Herman Barkey e sua equipe (que trabalhavam na McDonnel Douglas – posteriormente incorporada à Boeing).